1. قطاع خدمات الإنتاج والتسويق

يشرف هذا القطاع على جودة المنتجات السمكية وينظم تسويقها محليًا ودوليًا. يشمل ذلك الإشراف الفني والتفتيش البحري لضمان سلامة المنتجات من المصدر إلى السوق.

2. قطاع التخطيط والاستثمار

يتولى هذا القطاع إعداد الخطط الاستراتيجية لتطوير قطاع الثروة السمكية، وتحفيز الاستثمارات في الصيد والبنية التحتية، وجمع وتحليل البيانات لصياغة السياسات المستقبلية.

3. قطاع الصيد التقليدي

يهتم هذا القطاع بتنظيم ودعم أنشطة الصيادين التقليديين، وتوفير التسهيلات الفنية والإدارية لهم، والعمل على تحسين طرق الصيد وتطوير المجتمعات الساحلية.

4. الإدارات النموذجية (الإدارية والمالية)

توفر هذه الإدارة الدعم المؤسسي للهيئة من خلال الشؤون القانونية، شؤون الموظفين، التدريب، المالية، الصيانة، المعدات، والرقابة الداخلية لضمان أداء إداري فعال.